Сделал через прогон всех пикселей. Скорость приятно удивила, спасибо. В былые времена, когда начинал все с delphi, это все было в разы медленнее.
На счет цвета, маловероятно что кто-то будет потом на цвет переходить.
На счет преимущества HSV над RGB, пока не особо его осознаю. Может кто образумит)
На счет Connected Components Labeling. Уже решал подобного рода задачи когда еще не использовал библиотеку. Меня порадовала как раз функция cvFloodFill(), которая все делает что надо, да еще как раз площадь возвращает, да и периметр, который тоже потом понадобится.
Идея на счет контуров... если так посудить там так же используется перебор всех пикселей, может немного более оптимизированный, но все же. И достаточно много всего лишнего вычисляется.