Наконец то добавили выделялку ROI: http://www.learnopencv.com/how-to-select-a-bounding-box-roi-in-opencv-cpp-python/
Как юзать:
#include <opencv2/opencv.hpp>
// selectROI is part of tracking API
#include <opencv2/tracking.hpp>
using namespace std;
using namespace cv;
int main (int argc, char **arv)
{
// Read image
Mat im = imread("image.jpg");
// Select ROI
Rect2d r = selectROI(im);
// Crop image
Mat imCrop = im(r);
// Display Cropped Image
imshow("Image", imCrop);
waitKey(0);
return 0;
}