Gizatulin 9 Report post Posted January 18, 2012 спасибо! Share this post Link to post Share on other sites
Novi4ok 0 Report post Posted January 18, 2012 Добрый день! Товарищи форумчане, если кто-нибудь сталкивался с проектами в которых решаются любые медицинские задачи , например анализ медицинских изображений с клетками крови, сосудов глаза, областей головного мозга и т.д. Cкиньте, пожалуйста, ссылки в эту ветку если видели что-то подобное, буду очень благодарен. P.S: ОпенСурс проекты для анализа и классификации клеток крови по группам для меня были бы предпочтительнее. Share this post Link to post Share on other sites
Gizatulin 9 Report post Posted January 18, 2012 как я не компилел этот проект http://www2.imm.dtu.dk/~aam/ в 2010 студии. Даже когда скомпилелся все равно не работал. Переписал даже, убрал все ошибки. Уже все получил exe, а он так и не работает. Ой Microsoft Microsoft... Поставил 2005 студию 3 секунды проект просто идеально скомпилелся. Share this post Link to post Share on other sites
Gizatulin 9 Report post Posted January 22, 2012 Про описание формата, хотел уточнить: про тип точки Bit 1: Outer edge point/Inside point - это внешние точки модели Bit 4: Non-hole/Hole point - это дырки А эти зачем? Bit 2: Original annotated point/Artificial point Bit 3: Closed path point/Open path point Share this post Link to post Share on other sites
Smorodov 578 Report post Posted January 22, 2012 Original annotated point/Artificial point - это, я предполагаю означает точки, которые алгоритм добавляет в процессе регуляризации контура. То есть мы можем поставить точки неравномерно, а компу это не удобно, или просто нам лень и он добавляет точки, так чтобы они располагались равномерно по ломаной. Насчет последнего совсем не уверен, может быть это означает точку замыкания для замкнутого контура. Share this post Link to post Share on other sites
Gizatulin 9 Report post Posted January 22, 2012 И про адаптацию не совсем понятно. В написано, что при поиске модель масштабируется и изменятся. Когда я обучаю на картинках маленького размера, я ищу на больших, он находит объект. Но модель почему-то не увеличилась? Share this post Link to post Share on other sites
Smorodov 578 Report post Posted January 22, 2012 Последнее не понял, боюсь без картинки трудно вопрос объяснить. Share this post Link to post Share on other sites
kudukSweetone 3 Report post Posted January 22, 2012 Недавно натыкался на медицинский открытый проект, Cell-ID называется. Ссылку найдете в Гугле. Share this post Link to post Share on other sites
Gizatulin 9 Report post Posted January 22, 2012 убрал из архива исполняемые файлы, оставил только картинки и текстовые. Что бы работало: http://www2.imm.dtu.dk/~aam/ Директорию bin, чтобы все работало надо прописать в PATH. для запуска нужна консоль: aamcm.exe скорее всего антивиры ругались на aamcm.exesimple.rar Share this post Link to post Share on other sites
Pavia00 32 Report post Posted January 22, 2012 Есть Французкий институт INRIA. Там много публикаций по распознаванию и обработки в медицинских изображений. Правда насчёт готовых проектов не знаю. Share this post Link to post Share on other sites
Smorodov 578 Report post Posted January 23, 2012 Понял о чем речь. Только там, где модель имеет неправильный масштаб, алгоритм не находит объект. Все таки масштаб не должен сильно отличаться от масштаба начального приближения. Если нужно найти похожие объекты, сильно отличающиеся по размерам, то лучше использовать пирамиду. Искать на каждом этаже, и где лучше (меньше ошибка), там и будет решение. Share this post Link to post Share on other sites
Gizatulin 9 Report post Posted January 23, 2012 Понял о чем речь. Только там, где модель имеет неправильный масштаб, алгоритм не находит объект. Все таки масштаб не должен сильно отличаться от масштаба начального приближения. Если нужно найти похожие объекты, сильно отличающиеся по размерам, то лучше использовать пирамиду. Искать на каждом этаже, и где лучше (меньше ошибка), там и будет решение. имеет неправильный масштаб? Это как? Есть примеры с пирамидой? Share this post Link to post Share on other sites
Smorodov 578 Report post Posted January 23, 2012 Вот, например (сильное несоответствие масштабов): 74.bmp_init.bmp Готовых примеров с пирамидой нет. Попробуйте уменьшить изображение вручную. Качество работы AAM и ASM сильно зависит от количества предъявленных им для обучения образцов. В среднем их должно быть несколько сотен (лучше тысяч). Share this post Link to post Share on other sites
Smorodov 578 Report post Posted January 23, 2012 Тут есть список свободного мед. софта: http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_open-source_healthcare_software Сегментация,датасеты, плюс какой то плагин-клеткосчет для ImageJ. http://vision.ece.ucsb.edu/download.html Еще одна клеткосчиталка: http://nghiaho.com/?page_id=1011 И еще ссылка: http://www.shapelogic.org/ Share this post Link to post Share on other sites
Gizatulin 9 Report post Posted January 23, 2012 Вот, например (сильное несоответствие масштабов): 74.bmp_init.bmp Готовых примеров с пирамидой нет. Попробуйте уменьшить изображение вручную. Смысл? Качество работы AAM и ASM сильно зависит от количества предъявленных им для обучения образцов. В среднем их должно быть несколько сотен (лучше тысяч). то есть обучающая выборка должна состоять из картинок разных размеров? Share this post Link to post Share on other sites
Smorodov 578 Report post Posted January 23, 2012 Модель имеет один единственный размер (допустим вписана в квадрат со стороной 100). Подгонка модели по изображению варьирует параметры, которые задают форму и текстуру модели, плюс координаты масштаб и поворот, но параметры обычно меняются в ограниченом диапазоне, иначе модель теряет стабильность, и часто проваливается в локальные минимумы. ASM и AAM - это обычные задачи параметрической оптимизации, и все проблемы здесь общие. При обучении все образцы приводятся к одному масштабу и выравниваются. Затем ищутся главные компоненты в контурах и текстурах. Ищутся также параметры распределения. Это и есть модель. Share this post Link to post Share on other sites
mrgloom 242 Report post Posted January 23, 2012 medical image processing medical image analysis medical segmentation software http://sourceforge.net/directory/?q=Medical http://www.itk.org/ histology ImageJ Share this post Link to post Share on other sites
serj42 0 Report post Posted January 25, 2012 к вопросу о том занмается ли кто мед техникой. в данный момент занимаюсь прибором цифровой подоском. opencv планирую использовать для автоматического отделения изображения стопы от всего остального что снимает камера. если кто может советом помочь как организовать, буду очень благодарен. Share this post Link to post Share on other sites
Smorodov 578 Report post Posted January 25, 2012 Если объясните суть (тут все любят в картинках ), думаю народ подключится. Share this post Link to post Share on other sites
serj42 0 Report post Posted January 25, 2012 суть в том чтобы извлечь из изображения только контур стопы и пальцев...даже не контур а содержимое. на первый взгляд несложная задача, пробовал всяко разно фильтрами, но к сожалению они отпадают из за наличия фона который абсолютно непредсказуем... да, и еще один момент, проект пишу в дельфях.....если что то на дельфи сможете подсказать будет вобще супер Share this post Link to post Share on other sites
Smorodov 578 Report post Posted January 26, 2012 OpenCV для delphi использовать тяжело будет, но никто не мешает использовать что-нибудь аналогичное дельфофское. Есть вопросы-уточнения: 1) интерес представляют только подсвеченные области, или вся стопа? 2) цвет подсветки всегда одинаковый, или есть заметные вариации? И из личного любопытства, как получено такое изображение? PS: GrabCut (из примеров opencv) при такой разметке: дает такой результат: Разметка, кстати говоря, может быть достаточно грубой. Share this post Link to post Share on other sites
serj42 0 Report post Posted January 26, 2012 1.интерес только в подсвеченой области стопы, это место которое полностью соприкасается с полом при хотьбе человека, т.е именно оно несет информацию о плоскостопии и других искажениях структуры стопы. 2. в том то и дело что в зависимости от освещения содержание RGB может варьировать, но преимущественно зеленый синий цвет он всегда....вот еще одно изображение которое получено уже без комнатного освещения...в этом случае даже ноги разного цвета получились http://verta.org/wp-content/uploads/2012/01/22222.bmp результат который дал вам грабкат вполне подходит, тк дальше выделить нужную область фильтрами не составляет труда из за большой степени отличия цветов....примерно такое я уже получил, правда прямоугольником(т.е часть фона присутствует) ваш результат мне нравится. Здесь был секрет , админ его стер. Share this post Link to post Share on other sites
Smorodov 578 Report post Posted January 26, 2012 Провода конечно сильно сейчас мешают. А ИК подсветку не пробовали? Следы пальцев для анализа важны? Share this post Link to post Share on other sites
serj42 0 Report post Posted January 26, 2012 ии....вопрос назрел....разметка я так понял уже вручную добавляется? т.е до автоматизма это не довести...просто я еще не пробовал этот OpenCV в дельфях за отсутствием VCOpenCV.dll Share this post Link to post Share on other sites
serj42 0 Report post Posted January 26, 2012 проводов то конечно не будет )) стопа будет полноценная) ну просто прибор еще пока на стадии создания был, поэтому некуда было их девать)) насчет ИК идея была, и я думаю что очень неплохая...к сожалению протестить неудалось( и где взять этот ИК ума не приложу) Share this post Link to post Share on other sites
